1.對水資源的開發(fā)無節(jié)制
農(nóng)業(yè)水利工程項目自然涉及到對水資源的開發(fā)與利用，這就面臨著一個很重要的問題，那就是無節(jié)制地開發(fā)水資源。水是生命之源，水資源是人類生存與發(fā)展不可或缺的重要自然資源，某種程度上說，水資源被過分開發(fā)后是無法在短時間內(nèi)獲得再生的，至少要幾十年甚或幾百年的時間。人類的很多農(nóng)業(yè)水利工程項目都在無形中破壞了水資源本身的生態(tài)平衡，因為水資源在自然界中存在一定的循環(huán)以保持一種自然狀態(tài)的平衡，比如地下水滲入、水汽的蒸發(fā)，還有湖泊洼地等，雖然看起來是不起眼的，但都與周圍的生態(tài)環(huán)境密切相關(guān)，在對周圍生態(tài)系統(tǒng)產(chǎn)生重要影響。一旦它們的存在狀態(tài)被改變，將會導(dǎo)致一系列連鎖的后果。有些地區(qū)為了灌溉用水往往修建排水渠等水利項目，將近邊的小河或是湖泊的水引入農(nóng)田，干旱時人們對水量的需求是非常大的，于是開始為了自身利益無節(jié)制引用水資源，導(dǎo)致了很多河水與湖泊出現(xiàn)了干涸，原本豐美的草原變成了沙地，不僅造成了沙塵暴的肆虐，也給北方地區(qū)人們的生活造成了不良影響。
2.土地鹽堿化問題
除了對水資源的過分開發(fā)與利用之外，土地鹽堿化也是很多農(nóng)業(yè)水利工程所導(dǎo)致的突出問題。這是由于一些工程項目在修建時對地址結(jié)構(gòu)的考察不到位，對于工程位置的選擇不夠科學(xué)、合理，就很容易導(dǎo)致庫岸的大面積崩塌，一旦誘發(fā)地震，就可能導(dǎo)致地下水位的上升，久而久之，土地鹽堿化問題就形成了。土壤鹽堿化以后，明顯表現(xiàn)就是土壤板結(jié)和肥力下降，多數(shù)作物在鹽堿地上是無法正常生長的，久而久之會對農(nóng)業(yè)發(fā)展造成十分不良的影響。
3.對生物繁殖的破壞
以三峽水利工程來說，水庫的用途是多方面的，農(nóng)業(yè)用途只是其中的一個內(nèi)容，此外還可以用于發(fā)電、治理水患等，三峽水利工程給人們帶來的利益是顯而易見的，但與此同時，它也導(dǎo)致了一些問題的出現(xiàn)，很典型的一例就是對一些水生生物的生存造成了不可挽回的影響。現(xiàn)在調(diào)查已經(jīng)表明的一些受到嚴重影響的生物就包括白鱘、白鰭豚、長江鱘、中華鱘。胭脂魚與江豚等[1].三峽大壩的存在掐斷了魚類回到上游產(chǎn)卵的通道，很多魚兒的生活習(xí)性就是要回到上游的出生地才會繁衍生殖，如此一來，不僅每年都有很多魚類為了產(chǎn)卵撞亡在大壩上，更嚴重的是魚兒的數(shù)量在急劇減少，白鰭豚甚至因此而滅絕，成為人類永遠的遺憾，這也是人類的水利工程給生態(tài)系統(tǒng)造成巨大破壞的典型案例。
4.環(huán)境污染
粗放型施工會給環(huán)境造成污染，這不僅是農(nóng)業(yè)水利工程項目容易出現(xiàn)的問題也是所有工程項目所具有的通病。問題就在于很多不是很專業(yè)的施工隊伍往往也能夠參與到具體的建設(shè)環(huán)節(jié)，“一包”、“二包”甚至“三包”、“四包”的工程轉(zhuǎn)包使很多良莠不齊的施工隊伍最終成了工程的主要建設(shè)者，不僅施工技術(shù)質(zhì)量得不到保障，更嚴重的是建設(shè)者為了追求更高的利益在工程用料的采購上也可能會偷工減料，以次充好，不僅給工程帶來了嚴重的質(zhì)量隱患，而且也給環(huán)境造成了一定的污染。
5.對社會環(huán)境造成影響
水利工程項目不僅會對自然環(huán)境造成破壞也容易對社會環(huán)境造成影響。具體表現(xiàn)在移民問題與耕地補償上，施工時，_旦涉及到這兩個問題，需要做的工作是系列式的，不僅需要對相關(guān)的民眾進行妥善的安置，還要耕地的占用做出合理的補償，并做好溝通協(xié)調(diào)工作等。然而事實上處理的方式往往并不得當，一旦安排不當，會導(dǎo)致很多社會問題的出現(xiàn)。
