大壩攔斷江河后，會淹沒上游的土地，對天然河流的水文情勢產生了一定的影響，同時會產生大量移民。移民及城鎮的建遷會加劇人地矛盾，并南此加劇植被的破壞、水土流失和生態惡化，同時也將改變整個河流的水文情勢，比如水量、水溫、流速、水位及對泥沙的影響。其中，影響最大的是多年調節型水庫，影響相對較小的是日調節型水庫。水庫水位的變化與天然江河大不相同，這取決于不同類型的調節方式，以防洪為主要目的的水庫，其水位的變化在季節上與天然河流是相反的，水位變幅較大，訊期水庫處于低水位運行；在汛末蓄水，水庫處于高水位運行。這樣，增加了江河枯水期流量，減少了豐水期流量，提高了下游的防洪標準。同時，提高了下游丁業生產和農業灌溉的用水保證率，增加水電站的保證出力。
因為流域內的地表水與地下水有密切聯系，河流水文條件的改變必將影響地下水的水位與水質變化。壩址上游水庫蓄水使其周圍地下水水位抬高，從而擴大水庫浸沒范圍，導致土地的鹽堿化和沼澤化。同時，攔河筑壩也減少了壩庫下游地區地下水的補給來源，致使地下水水位下降，大片原有地下水自流灌區失去自然條件，從而降低了下游地區的水資源利用率，對灌溉造成不利影響。
