1、水庫配備設施老化，維護不足
由于我國大部分的水庫興建的年限較長，水庫相應的配備設施已經老化，不能夠滿足當前的水利工程建設生產需求。再者大部分老化的水庫都沒有安裝現代水利檢測裝置，當發生洪水、潮汛等突發事件時，由于沒有相應設備導致無法立刻采取相應的解決方法。同時小型水庫管理不到位的原因會使得水庫維護不足，水庫大壩常年四季得不到維護和修補，日積月累，各種水庫渠道堵塞、漏洞、操作失靈等問題一一出現，水庫的功能和安全性能會逐步喪失，嚴重的會出現水庫建筑坍塌的不良局面。近幾年我國的長江中下游地區常常出現因水庫配備老化、維修不足等原因導致的洪水或者連續大雨過后的潰壩事件。
2、資源損耗，管理費用不夠、創收較弱
同上所述，水庫的主要功能是進行農田的灌溉，然而由于我國農村體制的調整，水庫的檢修維護經費是以農民的水費為基礎，水庫本身的創收較弱，國家政府有關部門對水庫的興建和維護投資不高，造成了水庫管理費用緊張的尷尬局面，由于水庫管理維護費用不足，也就無從進行水庫管理優化，有些地區為降低水庫維修方面的費用，會減少水庫管理工作崗位，當前在我國的許多地區都存在著水庫罷工的狀況。不少水庫遭到自然災害的的摧殘過后卻得不到維修，導致水資源的損耗，減少一定的水庫經濟效益。
3、不合理的管理體系
在我國一些偏遠地區，水庫包括小型水庫在內的水庫管理體系一直是沿用很久以前的管理機制，不進行科技化的創新和改進，導致水庫管理機制的落后，不能滿足現代化的水利建設生產發展；不科學、不完善的水庫管理體系，缺乏相應的管理人員考核標準，最終使得水庫管理工作水平一直在走下坡的路；不少的水庫管理工作者并未意識到水庫管理的重要性，即使發現水庫問題也不進行及時的匯報，水庫運行情況無法獲知，也就無法做好突發事件的預防，甚至水資源調節工作難以展開，問題長年累積，埋下水庫安全隱患，當洪水等突發災害來臨時，損失將會很嚴重；我國當前的水庫管理方面的專業人才較少，職業素質相對較低，導致原本水庫配置就不足的水利工程陷入絕境。
4、違背生態環境的可持續發展原則
因為水庫的環境決定著水質，因此水庫管理體系的內容除了水資源的利用、水庫的安全功能外，還有對水庫四周的生態環境的管理。然而當前我國的水庫管理缺乏對生態環境的可持續發展方面的管理，因為水庫的不正常運行，部分地區水庫排水質量不達標進而造成水污染，造成水生物喪失生命，影響水生物和農作物的生長，違背了我國的生態環境可持續發展原則。
