從1985年開始，農業部漁業行政主管部門在我國主要海區、流域和省（市）相繼建立了漁業環境監測站，形成以國家漁業環境監測中心為樞紐，覆蓋全國的漁業環境監測網絡。目前，全國從事漁業環境監測的單位有60多家，納入監測網絡管理的單位有32個，從事漁業資源環境、資源保護和監測的技術人員近千人。漁業環境監測體系為漁業行政主管部門掌握漁業環境和資源動態，保護漁業生態環境和水生生物資源，促進漁業生產的可持續發展，提供了有力的技術保障。
《海洋環境保護法》和《水污染防治法》賦予了農業部漁業部門漁業污染事故的調查處理權。為有效行使上述職責，農業部相繼頒布了《漁業污染事故調查處理程序規定》和《漁業污染事故調查鑒定資格管理辦法》，對漁業水域污染事故的調查、鑒定和處理行為進行規范，同時成立了全國漁業水域污染事故技術審定委員會，負責全國重大漁業水域污染事故的技術審定工作。為加強對從事漁業污染事故調查鑒定的單位和個人進行規范管理，農業部還出臺了《漁業污染事故調查鑒定資格管理辦法》，同時授權全國漁業水域污染事故技術審定委員會組織開展相關資格的審查、評定和考核工作。
