1.建立生境因子與生物因子的相關關系
生態系統是指一定空間中的生物群落（動物、植物、微生物）與其環境組成的系統，其中各成員借助能量交換和物質循環形成一個有組織的功能復合體。生態系統是由生物和生境兩大部分有機組成，生命部分是生態系統的主體，生境是生命支持系統。河流是水域生物生命的載體，又是水域生態系統物質流與能量流傳輸的介質。在評估體系中需要重視河流生物群落的歷史、生存和演變過程，需要重視水域生物群落與河流生境之間的耦合關系。監測由于人類活動和自然力作用引起的河流的流量、水質、流速、水溫、水深和水文周期的種種變化，調查水利水電工程建設、土地利用以及城市化引起的河流地貌學特征的變化，確定生物因子與生境因子之間定性或定量關系，綜合評價這些變化對河流生態系統健康的影響。
2.確定參照系統
河流健康是一個相對概念，需要建立基準點即參照系統，在對比的基礎上，進行生態狀況的評估。
參照系統可以按照時間和空間分類。按照時間分類，取同一條河流歷史上的自然狀況作為理想參照系統，這往往定義為大規模人類活動前的洪荒時期河流生態狀況。我國具有幾千年悠久的治河歷史，依靠有限的歷史資料建立河流原始狀況的情景，對我國大多數河流來說是不可能的。因此只能選擇掌握一定記錄資料、生態狀況相對較好的歷史狀況作為理想參照系統。還有—種方法是在歷史監測資料缺乏的條件下，同一條河流在同一監測斷面上，以當前河流生態狀況為參照系統，逐年積累監測數據。進行先后變化的趨勢評估，分析河流的狀態是向健康方向發展還是趨于退化。按照空間分類，可以選擇同一條河流生態狀況良好的河段作為參照系統，也可以選擇自然與經濟社會條件類似的生態狀況良好的另一條河流作為參照系統。國外也有—種在建立歷史資料調查分析的基礎上人為規定的“理想參照狀態”，定義為“可以達到的最佳狀態”，如美國環境署執行的《生物快速評估草案（R.B.P）》就屬這一類。
3.明確影響河流生態系統健康的要素
水文條件、水質條件和棲息地質量是影響河流生態系統健康的三要素。河流枯竭、斷流以及水體污染造成河流生態系統退化和富營養化，已經有許多研究成果和案例。棲息地質量是河流健康的重要脅迫因子。棲息地對于河流生態系統的作用分析，是基于河流地貌學原理。研究表明，假設在水量與水質條件不變的情況下，生物群落多樣性與生境的空間異質性存在線性關系。—個地區的生境空間異質性越高，就意味著創造了多樣的小生境，能夠允許更多的物種共存。反之，如果非生物環境變得單調，生物群落多樣性必然會下降，生物群落的性質、密度和比例等都會發生變化，造成生態系統某種程度的退化。河流的空間異質性具體表現為河流地貌學特征的多樣性，包括河流系統的縱向連續性，河流洪泛區的側向連通性，河流形態的蜿蜒性，河床斷面多樣性以及岸坡材料和岸邊植被結構等。研究成果還表明，對于自然河道和岸邊結構的干擾是河流生物結構和功能退化的主要原因。
4.河流健康標準中應包括為社會興利的內容
河流健康概念不同于強調保護原生態的自然保護主義的觀點，而是包含了對于人類合理開發河流現實的承認，河流要為供水、灌溉、發電、航運、旅游等目標服務，力圖在保護河流生態系統與開發利用水資源之間取得某種平衡。比如河勢擺動有利營養物質的遷移擴散，為生物群落生存繁衍提供機會。但是在一般情況下，為了防洪安全還是把穩固河勢作為一項河流健康標準的條件。而在河流堤防設計中，盡可能展寬堤防間距，為洪水留有一定的空間，增強河流側向的連通性，為魚類和兩棲動物提供避難所和棲息地。
5.因地制宜地制定每一條河流的健康評估體系
我國幅員遼闊，各流域的自然條件不同，經濟社會發展水平各異。制定河流健康評估準則既不能照搬國外經驗，也不可能制定全國統一的細則標準，應經過調查、論證因地制宜地制定符合流域、地區自然及社會經濟條件的健康評估準則。黃河的特點是水少沙多，河勢游蕩，大部分水量都在人工控制之下，流域內供需矛盾尖銳，水文、水質和生物棲息地都已經發生了巨大的變化。而長江水量豐沛，流域內生物群落多樣性水平高，中下游是我國人口密集、經濟發達地區，現實的風險一個是三峽工程建成后清水下泄沖刷，引起河勢和江湖關系變化導致對于生物棲息地的影響，一個是長江中下游污染加劇；潛在的風險是上游水電梯級開發對于長江健康的長遠影響。
因地制宜制定河流健康的評估標準，重點是分析對于河流健康的主要脅迫因子。在人為干擾方面，需要分析諸如水體污染、過度取水、土地利用和城市化、水流的人工控制、河道的人工改造等因素影響強度，發現對于生態系統的主要脅迫因子；在自然條件方面，要綜合氣象、水文、生物群落、植被、景觀、土地等多種因素，明確具體河流的健康定位。在河流健康評估準則中，要突出主要脅迫因子，加強對其監測和評估。
6.建立完整的生物監測系統，進行長期監測和評估
河流健康評估的基礎是河流生態監測數據資料。我國已經形成了較為完善的水文監測體系，需要建立的是生物監測系統和網絡。監測方法從使用復雜儀器到簡單的現場目測記錄，可根據河流規模不同因地制宜確定。因為河流生態系統演替是一個長過程，所以要強調生物監測資料長系列，才能進行長期的河流健康評估。
